协会的最高权利机构是会员大会。会员大会每三年召开一次，提前或推迟召开由常务理事会决定。会员大会的职权是制定和修改协会章程；民主协商推举或选举常务理事；审议常务理事会的工作报告和财务报告；决定协会终止事宜；决定协会其它重大事宜。
平时会员大会须有会员半数以上出席，如遇重大事项须会员进行表决的，须有会员的2/3以上出席，其决议须经过到会会员半数以上通过方能生效。会员大会和常务理事会每届３年，因特殊情况需提前或延期换届的，须由常务理事会表决通过，报业务主管部门审查并经社团登记管理机关批准同意，协会以民主协商、推举或选举相结合的方法产生常务理事若干人，组成常务理事会。
会长、副会长、秘书长、常务理事每届任期３年，可连选连任，最多连任两届。会长、副会长从常务理事中选举产生。赞成协会章程，积极支持并热心帮助协会工作的有关单位和个人，经常务理事会研究，可聘请为协会顾问。常务理事会对会员大会负责，在会员大会闭会期间领导协会开展日常工作，其职权是执行会员大会的决议；民主协商选举会长、副会长；审议协会会长提名的秘书长人选；聘请名誉会长，协会顾问；会长可在副会长中指定常务副会长但数量不得超过副会长人数的50%。
任期届满的卸任会长为荣誉会长。筹备召开会员大会，向会员大会报告工作和财务状况，决定会员的吸收或除名，根据协会的任务分设秘书处和数个工作委员会，决定各机构主要负责人的聘任。秘书长负责处理常务理事会的日常事务，确定协会和各工作委员会工作计划组织实施，制定内部管理制度，根据秘书长提名，讨论决定副秘书长的任免，决定其他重大事项。
常务理事会至少每半年召开一次。常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事半数以上表决通过方能生效。协会不设立分会。可根据工作需要在区、市、县设立协会的区、市、县联络处，由该地区的会员协商推选负责人一人，干事若干人。协会的区、市、县联络处不是独立性社团机构，受协会常务理事会领导，受当地人民政府台湾事务办公室指导。
协会的会长、副会长、秘书长必须遵守国家和地方的法律法规，在济南市台资企业和台商中有一定的影响，会长、副会长、秘书长最高任职年龄不超过70周岁，身体健康，能坚持正常工作；未受过剥夺政治权利的刑事处罚，具有完全民事行为能力。
协会法定代表人为会长，协会法人不得兼任其他团体的法人。会长行使下列职权对协会负有领导责任及相关的法律、民事责任，召集和主持协会会员大会和常务理事会，检查会员大会和常务理事会决议落实情况，代表协会签署有关重要文件，处理协会其他重要事务，关注协会自身建设，引领协会健康发展。
副会长、秘书长协助会长工作。会长出缺时，由会长委托一位常务副会长代行会长职权。
协会的日常管理机构为秘书处，秘书处由秘书长主持工作，其职权是主持协会日常工作，组织实施年度工作计划，编制协会经费预算、决算方案，报常务理事会审定，协调各分支机构开展工作，提名副秘书长以及各分支机构主要负责人，交常务理事会决定，提名聘用办事机构专职工作人员的人选并向会长报备，保持与会员的联系，关心企业会员经营活动，向常务理事会反映会员意见和要求，处理其他事务。副秘书长协助秘书长工作。
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