(一)秘书科
协调机关日常工作;负责起草、审核台办拟发文件、材料;承办文电、秘书、会议、安全保密工作;管理印鉴、档案、报刊、图书、资料;负责机关财务和行政事务管理工作;负责台办机关和所属单位的党群工作及人事管理工作。
(二)经济科
会同有关部门研究提出我市与台湾的经贸合作发展规划;统筹协调及指导对台贸易、金融、科技合作以及设置台商区和向台湾输出劳务工作;会同有关部门组织对台大宗贸易和重要台商投资活动;指导台资企业协会工作;参与审核台商重大投资项目;负责对台资企业的政策指导、服务工作;受理台商经济纠纷投诉，协调督促有关部门妥善处置;指导涉台法律部门承办诉讼案件业务服务工作。
(三)联络宣传科
负责管理我市与台湾文化、科技、教育、体育、宗教等领域的交流事宜;承办公务赴台人员的审批工作;负责因私赴台管理工作;配合有关部门做好来抚台胞的接待工作;负责台属工作;受理涉台事务的来信和民事投诉，处理涉台突发事件;负责管理对台宣传工作;负责台湾问题研究和全市涉台干部的培训工作;承办市内记者赴台采访和台湾记者前来采访的审批、接待等有关事宜;负责涉台信息工作。
(四)台胞台商服务中心
该中心为市台办所属正科级公益一类事业单位，核定编制5名。主要承担维护台胞台商合法权益，为在抚台胞台商台企提供法律咨询和涉台政策咨询等服务，联系市台商协会共同参与对台招商引资等活动，会同有关部门协调处理台胞台商来信来访、台资企业有关诉求以及在抚发生的涉台突发事件等职责。
抚州市人民政府台湾事务办公室
